Facturation électronique : ce qui change pour les soignants libéraux

Une facture électronique n'est pas un simple PDF

Une facture envoyée en PDF par e-mail n'est pas une facture électronique au sens de la réforme, ce serait trop simple ! La facture électronique est un fichier structuré, dans un format normé (Factur-X, UBL ou CII), lisible automatiquement par un logiciel. Elle ne transite plus directement d'un professionnel à l'autre : elle passe obligatoirement par une Plateforme Agréée (PA) par l'administration fiscale.

Les trois volets de la réforme

La réforme repose sur trois obligations distinctes :

• L'e-invoicing : émettre et recevoir des factures électroniques entre entreprises assujetties à la TVA établies en France (B2B).
• L'e-reporting des transactions : transmettre à l'administration les données des ventes réalisées auprès de particuliers ou de clients étrangers.
• L'e-reporting des paiements : déclarer les encaissements pour certaines prestations de services soumises à TVA.

Rien à voir avec la feuille de soins électronique

La télétransmission des feuilles de soins (SESAM-Vitale) à l'Assurance Maladie continue de fonctionner exactement comme avant. Elle n'est ni remplacée ni modifiée par la réforme : il s'agit de deux circuits totalement indépendants.

Assujetti, mais pas redevable

Toute la confusion vient de deux notions fiscales souvent mélangées :

• Être assujetti à la TVA, c'est exercer une activité économique indépendante contre rémunération. Un médecin, un kiné ou une infirmière qui reçoit des honoraires l'est, quel que soit son mode d'exercice.
• Être redevable de la TVA, c'est devoir la collecter et la reverser à l'État. Grâce à l'exonération des actes de soins, un soignant qui ne pratique que des actes thérapeutiques ne l'est pas.

Vos actes de soins restent hors du champ

Bonne nouvelle : les actes de soins médicaux et paramédicaux exonérés (prévus à l'article 261, 4, 1° du CGI) sont dispensés de facturation. Ils sont donc exclus de l'obligation d'émettre des factures électroniques, de l'e-reporting des transactions et de l'e-reporting des paiements. Concrètement, vos consultations, séances et soins facturés aux patients et à l'Assurance Maladie ne changent pas.

Exonération ou franchise en base : une différence décisive

Ces deux notions sont souvent confondues, alors qu'elles n'ont pas du tout les mêmes conséquences :

• L'exonération tient à la nature de l'opération. Les actes de soins sont exonérés par la loi, quel que soit votre chiffre d'affaires. Ils sont exclus de la facturation électronique et de l'e-reporting.
• La franchise en base tient au niveau d'activité. Une opération normalement taxable n'est pas soumise à TVA tant que le chiffre d'affaires reste sous un seuil. Aucune TVA n'est facturée, mais l'opération reste dans le champ de la réforme : à partir de septembre 2027, elle devra donner lieu à une facture électronique (client professionnel établi en France) ou à un e-reporting (client particulier ou établi à l'étranger).

Autrement dit, une expertise facturée sans TVA grâce à la franchise en base est concernée par l'émission électronique. Une consultation exonérée ne l'est pas.

Toutes les formes d'exercice sont visées

L'obligation de réception s'applique quelle que soit la structure : exercice en nom propre (y compris en micro-BNC), SEL, SCP, SCM, ou structure porteuse d'une maison de santé pluriprofessionnelle (MSP).

La réforme se déploie en deux temps :

Depuis le 1er septembre 2026 : tous les assujettis, y compris les soignants libéraux exonérés, doivent pouvoir recevoir des factures électroniques. À la même date, les grandes entreprises et les ETI (fournisseurs d'énergie, opérateurs télécoms, grands distributeurs de matériel médical…) ont l'obligation de les émettre. À partir du 1er septembre 2027 : les TPE, PME et micro-entreprises, soit la quasi-totalité des cabinets libéraux, doivent à leur tour émettre des factures électroniques… mais uniquement pour leurs opérations non exonérées, qu'elles soient facturées avec TVA ou relèvent de la franchise en base.

En pratique, vos fournisseurs basculent progressivement : les plus gros d'abord, les plus petits (comme un expert-comptable indépendant ou un artisan) à partir de 2027.

Quelles factures sont concernées ?

Tous vos achats professionnels auprès de fournisseurs assujettis à la TVA et établis en France : énergie, téléphonie et internet, matériel et consommables médicaux, logiciel métier, maintenance, honoraires de l'expert-comptable, etc. Les opérations elles-mêmes exonérées de TVA, comme les prestations d'assurance, restent en dehors du dispositif.

Focus : le loyer et les charges de votre cabinet

L'immobilier est souvent le premier poste de dépenses d'un cabinet. Ce qui change dépend du régime de TVA de votre bailleur :

• Location nue de locaux professionnels, sans TVA : c'est le cas le plus fréquent. Cette location est en principe exonérée de TVA. Votre bailleur n'a donc pas à vous adresser de facture électronique : quittances et avis d'échéance continuent comme avant.
• Location avec TVA : si votre bailleur a opté pour la TVA, ou si les locaux sont loués équipés ou avec des services (centre médical clé en main, espace de coworking santé…), les loyers sont facturés avec TVA. Dans ce cas, vous recevrez une facture électronique.
• Si vous êtes en SCM : la SCM doit pouvoir recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs. En revanche, la part des frais communs qu’elle vous demande n’est pas soumise à TVA et ne passe pas par la facture électronique, à condition qu’elle corresponde aux frais réels et que les associés exercent une activité de soins.

Vous cherchez un cabinet ? Au moment de signer, posez la question du régime de TVA du bail : elle a un impact sur votre coût réel (la TVA n'est pas récupérable pour un soignant exonéré) et sur vos flux de facturation.

Les démarches à effectuer

• Choisir une plateforme agréée. Le Portail public de facturation sert d'annuaire central, mais la réception des factures passe par une PA. De nombreuses banques, logiciels de comptabilité et cabinets d'expertise comptable proposent des offres adaptées aux petits volumes, parfois incluses dans leur abonnement.
• Vérifier votre inscription à l'annuaire. Votre plateforme se charge en général de vous déclarer dans l'annuaire national. C'est lui qui indique à vos fournisseurs où envoyer vos factures.
• Informer vos principaux fournisseurs. Un simple e-mail mentionnant votre plateforme et votre numéro SIREN limite les doublons (PDF + facture électronique).
• Identifier clairement vos achats professionnels. Lorsque vous commandez, utilisez votre SIREN : une facture émise au nom d'un particulier n'arrivera pas sur votre plateforme.

Que risquez-vous sans plateforme agréée ?

L'obligation de réception est assortie de sanctions prévues à l’article 1737 du Code général des impôts. Ne pas avoir désigné de plateforme agréée expose le destinataire des factures à une amende de 500 €, appliquée après une mise en demeure restée sans effet pendant trois mois. Si la situation persiste, une amende supplémentaire de 1 000 € s'applique pour chaque nouvelle période de trois mois. Bonne nouvelle : une période de tolérance court jusqu'à la fin de l'année 2026. Le gouvernement l’a confirmé à plusieurs reprises depuis l’été, Il ne s'agit toutefois ni d'un report ni d'une suspension de l'obligation : profitez de ces quelques semaines pour choisir votre plateforme et informer vos fournisseurs.

Vos actes de soins : aucune nouvelle obligation

Si vous ne réalisez que des actes thérapeutiques exonérés, vous n'aurez rien à émettre au format électronique, ni en 2027 ni après.

Les activités qui font basculer dans la réforme

Dès qu'une opération n'est pas exonérée, la réforme s'applique à cette opération, que vous facturiez de la TVA ou que vous bénéficiiez de la franchise en base. Parmi les cas fréquents chez les soignants :

• les expertises (judiciaires, pour des assureurs), les missions de médecin-conseil ;
• les actes non thérapeutiques, comme certains actes à visée esthétique non remboursés ;
• les ventes de produits (cosmétiques, orthèses, compléments…) ;
• les locations de matériel à d'autres professionnels ;
• les redevances de collaboration (voir ci-dessous) ;
• les formations, conférences et enseignements rémunérés, avec une réserve : certaines prestations de formation professionnelle et d'enseignement bénéficient elles aussi d'une exonération, sous conditions. Leur régime doit être vérifié au cas par cas.

Le cas des MSP et des cabinets de groupe

Dans une maison de santé pluriprofessionnelle, la structure porteuse (souvent une SISA) peut être assujettie et gérer des charges communes, tandis que chaque professionnel reste assujetti individuellement. Le choix des plateformes et la répartition des flux entre la structure et ses membres sont à coordonner collectivement.

Un médecin libéral doit-il émettre des factures électroniques ?

Non pour ses actes de soins, exonérés de TVA et dispensés de facturation. Oui, à partir du 1er septembre 2027, pour ses éventuelles activités non exonérées, même s'il bénéficie de la franchise en base : expertises, redevances de collaboration, ventes de produits, certaines formations…

Un kiné ou une infirmière en micro-BNC est-il concerné ?

Oui. Le régime fiscal micro-BNC ne dispense pas de cette obligation : en tant qu'assujetti, vous devez pouvoir recevoir des factures électroniques depuis le 1er septembre 2026. Mon bailleur doit-il m'envoyer une facture électronique pour le loyer de mon cabinet ? Uniquement si le loyer est soumis à TVA (option du bailleur, locaux équipés ou avec services). Une location nue de locaux professionnels, sans TVA, est en principe exonérée et reste en dehors de la facture électronique.

La feuille de soins électronique compte-t-elle comme une facture électronique ?

Non. La télétransmission à l'Assurance Maladie est un circuit distinct, qui ne change pas.

Que se passe-t-il si je n'ai pas encore de plateforme agréée ?

Aucune sanction ne sera prononcée avant la fin de l'année 2026 : le gouvernement a annoncé une période de tolérance. Au-delà, vous vous exposez à une amende de 500 € après une mise en demeure restée sans effet pendant trois mois, puis à 1 000 € supplémentaires par période de trois mois si la situation persiste. Sans plateforme, vous risquez aussi de ne plus recevoir certaines factures dans le bon circuit.

Un remplaçant doit-il facturer électroniquement la rétrocession d'honoraires ?

Non. Les sommes reversées au remplaçant rémunèrent des soins et sont exonérées. Côté titulaire, la redevance conservée pour la mise à disposition des locaux n'est pas soumise à TVA si le remplacement est occasionnel. En revanche, une redevance de collaboration rémunérant la mise à disposition d'un cabinet aménagé est en principe taxable, et donc concernée par l'émission électronique à partir de 2027.